Die Geschichte und Entwicklung des Dorfes Grafenrheinfeld ist eng verbunden mit den Veränderungen, die der Main im Laufe der Jahrhunderte erfahren hat. Der Main bot Fischern und Schiffern, Flößern und Leinreitern, Sandschöpfern und Büttnern ebenso Arbeit und Brot wie Fährleuten und Mühlenbesitzern.

Der heutige begradigte Verlauf des Flusses am Ort vorbei lässt kaum noch die früheren mehrfachen Flusswindungen, Nebenarme und Ausuferungen erkennen, die den Ort bis zur Mainkorrektion von 1823 durch ständige Überschwemmungen bedrohten. Lediglich
die heute noch sichtbaren Altarme des Mains sowie die Lage des Fährhauses am nördlichen Altarm lassen erahnen,
wie eng das Schicksal der Bewohner des Ortes mit dem Lauf des Mains verbunden war. Die vielen kieshaltigen Böden und Schwemmsande unter der Oberfläche in den Flurabteilungen von Grafenrheinfeld, Bergrheinfeld und Röthlein erinnern daran, dass der Main nicht immer im heutigen Flussbett verlief.

An einer verkehrs- und klimabegünstigten Stelle am Main war in der 1. Hälfte des 8. Jahrhunderts der Königshof Rheinfeld durch Rodung und Bebauung als bleibende Siedlung entstanden, die sich später in die Orte Grafen-rheinfeld, Bergrheinfeld, Oberrheinfeld (Oberndorf) und Röthlein ausdifferenzierte. Die erste Pfarrkirche St. Stephan, die spätere Bartholomäuskirche, wird in einer Urkunde des Jahres 889 erstmals genannt und befand sich nördlich des Fährhauses in der Nähe des Flurkreuzes von 1889, das im Jahr 1959 erneuert wurde. Der Main trennte die Gläubigen Grafenrheinfelds von ihrer Pfarrkirche, so dass eine Fähre mit Fährhaus für den Gottesdienst- und Friedhofsbesuch erforderlich war. Wegen der Gefahren und Probleme bei der Überfahrt genehmigte das Domkapitel Würzburg als Dorfherr seit 1179 im 14. Jahrhundert den Bau einer eigenen Pfarrkirche in der Ortsmitte Grafenrheinfelds.

Die häufigen Überschwemmungen des Mains verwüsteten das Ackerland, spülten die Erde weg und verursachten wegen fehlender Ernten Hunger und Not im Ort. Aus Erdkohlraben wurde Brot gebacken, selbst Kleie wurde hierzu verwendet. Viele Haushalte hatten oft zwei Wochen lang keinen Bissen Brot im Hause. Die Ortsbeschreibung von 1825 berichtet weiterhin, dass es von 1682 bis 1823 nicht weniger als 54 Dammbrüche mit meist verheerenden Folgen gab. Diese Dämme (z. B. Schlagdamm, Hohe Weidendamm, Damm Steinach, Schlatrichsdamm, Ortsdamm, Bauernwehr, Wehrspitz, Ladstättdamm, Galgendamm, Scholler Wehr, Bieberwehr) waren von den Gemeindebürgern zum Schutz gegen die verheerenden Hochwasser aufgeschüttet worden. Für einen wirksamen Schutz auf Dauer waren sie allerdings unzureichend, da sie zu nahe am Ufer errichtet wurden. Auf der früheren Nepomukfigur an der Mainbrücke auf Grafenrheinfelder Seite war die Hochwassermarke dieses Jahres ebenso eingemeißelt wie heute im Brunnenrand am Eingang zum Kirchplatz. Mit der Mainkorrektion von 1823 durch die Bayerische Staatsregierung wurde die Bedrohung durch ständige Dammbrüche und Überschwemmungen weitgehend eingeschränkt. Mit der Begradigung der Mainkrümmungen durch vier aufeinanderfolgende Durchstiche wurde - gegen den Widerstand der Gemeinde Bergrheinfeld durchgesetzt - die Fließgeschwindigkeit des Mains erhöht und eine selbstständige Freispülung des Strombettes sichergestellt. Dadurch konnte man dem ständigen Auspendeln des Flusses mit häufigen Uferveränderungen und Sandbankablagerungen vorbeugen.

Ein großer Nachteil der Mainbegradigung war jedoch, dass die Gemeindemarkungen von Grafen- und Bergrheinfeld zerstückelt wurden: Von der Gemeinde Bergrheinfeld fielen 800 Tagwerk besten Feldes auf das jenseitige linke Mainufer (heute Flurabteilungen "Im Sand" und "Am Fährhaus"); von der Gemarkung Grafenrheinfelds fielen 100 Tagwerk auf das rechte Mainufer (heute Flurabteilung "Am Steinach", inzwischen Stadt Schweinfurt). Seit 1853 ermöglichte eine "Fliegende Brücke" (Fähre) - bedient von einem Fährer im Fährerhaus neben der Gaststätte "Mainlust" - die Bewirtschaftung der abgetrennten Grundstücke. Diese Fähre war jedoch weder bei trockenem Wetter und niedrigem Wasserstand noch bei Hochwasser, Eisgang oder Sturm einsatzfähig. Nachdem mehrere Eingaben der Gemeinden Berg- und Grafenrheinfeld an die Staatsregierung zur Errichtung einer Brücke ohne Erfolg geblieben waren, entschlossen sich beide Gemeinden für den Bau in Eigeninitiative. Am 14. Juli 1901 konnte die Brücke aus Eisenträgern durch den Würzburger Bischof Ferdinand von Schlör eingeweiht werden.

Eine Brückenzollordnung legte für die Benutzung der Brücke die Gebühren fest, die vom Zöllner im Zollhaus auf Bergrheinfelder Seite der Brücke eingehoben wurden. Bis zur Aufhebung des Brückenzolles durch das Landratsamt Schweinfurt im Jahre 1941 und nochmals von Ende 1945 bis 1948 wurde das Zollhaus für diesen Zweck genutzt und verschwand erst mit dem Neubau der Brücke im Jahre 1959. Dieser Neubau war notwendig geworden, da die Brücke von 1901 am 8. April 1945 durch ein Einsatzkommando der Deutschen Wehrmacht gesprengt worden war und seit Dezember 1945 nur durch eine Notbrücke ersetzt wurde. Die Spannbetonbrücke des Jahres 1960 wurde 1997 wegen ermüdungsbruchgefährdeter Spannglieder auf das zulässige Gesamtgewicht von 10 t verkehrsbeschränkt.

Im Rahmen eines PPP-Projektes errichtete der Freistaat Bayern in den Jahren 2008/2009 eine Stabbogenbrücke ohne Pfeiler, die am 18. September 2009 eingeweiht werden konnte. Mit einer Fahrbahnbreite von 7,50 Meter, dem nördlichen Geh- und Radweg von 3 Meter Breite sowie dem südlichen Gehweg von 2 Meter Breite bietet die Brücke mehr Sicherheit für Autofahrer, Radfahrer und Fußgänger. Die Hochwasserdämme des Mains waren von 2006 bis 2009 auf den aktuellen Sicherheitsstandard gebracht worden.

Der im Jahr 1823 begradigte Main wird heute neben der Schifffahrt für verschiedenste Freizeitaktivitäten genutzt - ebenso wie die beiden Altmainarme im Norden und Süden Grafenrheinfelds. Diese erinnern auch heute noch an den früheren Mainverlauf und laden ein zum Verweilen und erholen.